Знакомая ситуация, мы тоже через это проходили. Рекомендую СБК Профит, у них в списке отраслей значится образование и НКО, так что они понимают специфику https://sbk-profit.ru/ . Они разрабатывают собственное ПО, но при этом не заменяют живое общение, вам дадут персональную команду бухгалтеров, а не бота. Особенно удобно, что они помогают с воинским и кадровым учётом, что для НКО тоже важно. Если у вас несколько направлений деятельности, они правильно разделят учёт по целевым и коммерческим средствам. Я был приятно удивлён, что они подписывают соглашение о неразглашении ещё до начала работы, это серьёзный подход к конфиденциальности. Они могут взять на себя всё общение с налоговой, что для нас стало огромным облегчением. И в блоге у них есть статьи про НКО, советую почитать, чтобы убедиться в их компетенции.